Bidang Pendidikan Madrasah mempunyai tugas Melaksanakan penyusunan bahan dan pelaksanan kebijakan teknis, pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan,  pengelolaan sistem informasi, dan penyusunan rencana, serta pelaporan di bidang kurikulum, sarana, kelembagaan, dan kesiswaan, serta guru dan tenaga kependidikan madrasah berdasarkan kebijakan teknis yang ditetapkan oleh Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama provinsi

.Dalam melaksanakan tugas  Bidang Pendidikan Madrasah menyelenggarakan fungsi :

1. penyiapan bahan perencanaan, penyusunan, dan pelaksanaan kebijakan teknis di bidang kurikulum, sarana dan prasarana, kelembagaan, dan kesiswaan, serta guru dan tenaga kependidikan madrasah;
2. pelayanan dan pemenuhan standar nasional pendidikan madrasah;
3. bimbingan teknis dan supervisi di bidang kurikulum dan evaluasi, sarana dan prasarana, kelembagaan dan kerja sama, serta kesiswaan madrasah;
4. pembinaan, bimbingan teknis, dan supervisi guru dan tenaga kependidikan madrasah;
5. pengelolaan data dan sistem informasi madrasah, guru dan tenaga kependidikan madrasah; dan
6. evaluasi dan penyusunan laporan di bidang  kurikulum, sarana dan prasarana, kelembagaan, dan kesiswaan, serta guru dan tenaga kependidikan madrasah.

Susunan Organisasi Bidang Pendidikan Madrasah terdiri atas:

1. Seksi Kurikulum dan Kesiswaan;
2. Seksi Sarana dan Prasarana;
3. Seksi Kelembagaan dan Sistem Informasi Madrasah;
4. Seksi Guru;
5. Seksi Tenaga Kependidikan; dan
6. Kelompok Jabatan Fungsional

Seksi Kurikulum dan Kesiswaan
mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan kebijakan teknis di bidang pengembangan kurikulum, evaluasi, dan pengembangan potensi siswa pada raudlatul athfal dan madrasah, serta melakukan pelayanan, bimbingan teknis, dan supervisi pengembangan kurikulum, evaluasi, dan pengembangan potensi siswa pada madrasah aliyah dan madrasah Aliyah

Seksi Sarana dan Prasarana
mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan kebijakan teknis di bidang sarana dan prasarana pada raudlatul athfal dan madrasah serta melakukan pelayanan, bimbingan teknis, dan supervisi sarana dan prasarana pada madrasah aliyah dan madrasah Aliyah

Seksi Kelembagaan dan Sistem Informasi Madrasah
mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan kebijakan teknis di bidang pengembangan kelembagaan, kerja sama, pengelolaan data, dan sistem informasi pendidikan pada raudlatul athfal dan madrasah, serta melakukan pelayanan, bimbingan teknis, dan supervisi pengembangan kerja sama, pengelolaan data, dan sistem informasi pendidikan pada madrasah aliyah dan madrasah aliyah kejuruan.

Seksi Guru
mempunyai tugas melakukanpenyiapan bahan kebijakan teknis di bidang pengembangan guru pada raudlatul athfal dan madrasah, serta melakukan pelayanan, bimbingan teknis, dan supervisi pengembangan guru pada madrasah aliyah dan madrasah Aliyah

Seksi Tenaga Kependidikan
penyiapan bahan kebijakan teknis di bidang tenaga kependidikan pada raudlatul athfal dan madrasah, serta melakukan pelayanan, bimbingan teknis, dan supervisi tenaga kependidikan pada madrasah aliyah dan madrasah aliyah